Flora Szata roślinna Bhutanu jest dobrze zachowana. Prawie 60% powierzchni kraju porastają lasy, które dzielą się na lasy monsunowe na południu i górskie na obszarach powyżej 2000 m n.p.m. Lasy monsunowe w porze suchej zrzucają liście, a reprezentują je takie gatunki jak drzewo tekowe czy damarzyk. Lasy górskie to formacje typowo alpejskie gdzie rosną sosny, jodły, a w niższych partiach gór dęby. Lasy te porastają do tereny górskie do wysokości 3300 m n.p.m. Powyżej ten ekosystem przechodzi w roślinność krzaczastą (karłowate zarośla), a następnie w łąki wysokogórskie. Powyżej mniej więcej 4500 m n.p.m. roślinność zanika, występują tam nagie skały, śniegi i lodowce.
Fauna Fauna typowa dla terenów górskich Regionu Środkowoazjatyckiego. Do ssaków kopytnych zaliczyć należy gazelę tybetańską, nachura i dziką owcę, oraz koziorożca syberyjskiego. Z drapieżników na terenach górzystych żyją niedźwiedzie himalajskie oraz irbisy. Gady są także zwierzętami, które żyją w Bhutanie na znacznych wysokościach, są to między innymi agama himalajska i gatunek węża – mokasyn himalajski.
W kraju utworzono cztery parki narodowe, a największy z nich to Dżigme Dordżi.