Przez swojego ojca Antoni był wnukiem króla portugalskiego Manuela I Szczęśliwego. Jednak z powodu jego statusu (był z nieprawego łoża) jego roszczenie do tronu było uważane za nieważne. Mimo wszystko sprawa była dużo bardziej skomplikowana niż się wydaje, gdyż jego ojciec był również przeorem Crato, czyli mógł się żenić bez papieskiej dyspensy, a dodatkowo jego ojciec prawdopodobnie pobrał się z jego matką po jego urodzeniu.
Antonio w młodości uczył się w Coimbrze i został umieszczony w Zakonie Kawalerów Maltańskich. Otrzymał w darowiźnie bogaty klasztor Crato. W 1571 r. był nazwany gubernatorem portugalskich fortyfikacji w Tangerze.
Do 1578 r. jego życie jest mało znane. Od 1578 r. towarzyszył ówczesnemu królowi portugalskiemu Sebastianowi w inwazji na Maroko, został wówczas pojmany jako jeniec przez Maurów w bitwie pod Alcácer-Quibir (w tej samej bitwie młody król zginął).
Antonio żeby zapewnić sobie wyzwolenie na dogodnych warunkach wymyślił pewną fikcję, mianowicie gdy spytali się go o znaczenie krzyża, który nosił na kaftanie, odpowiedział im że jest to symbol pewnego beneficjum, które otrzymał od papieża, coś co mógłby stracić gdyby nie wrócił do Portugalii przed 1 stycznia 1579 r.