10 października 1980 otrzymał stopień doktora habilitowanego, przedstawiając monografię „Zastosowanie techniki laserowej w geodezji” jako rozprawę habilitacyjną.
Tytuł profesora nadzwyczajnego nauk technicznych otrzymał uchwałą Rady Państwa 16 listopada 1982. 15 września 1983 zostało mu powierzone kierownictwo nad Instytutem Geodezji i Meteorologii. 1 września 1989 przestał pełnić obowiązki szefa Instytutu pozostając na stanowisku profesora, a 2 października 1991 przeszedł w stan spoczynku. W 1991 podjął pracę na Wydziale Geodezji i Gospodarki Przestrzennej Akademii Rolniczo-Technicznej w Olsztynie.
Stanisław Pachuta był specjalistą i prekursorem technik laserowych w polskiej geodezji (34 patenty w tym 21 dotyczących wynalazków), autorem ponad 240 publikacji (w tym 22 w językach obcych) i 230 niepublikowanych opracowań naukowych. Recenzentem dorobku naukowego 16 kandydatów na profesorów, 16 rozpraw habilitacyjnych, 19 rozpraw doktorskich i 40 prac dyplomowych. Członek wielu organizacji, rad i instytutów, m.in.: Akademii Inżynierskiej w Polsce (AIP), Komitetu Geodezji PAN, Komitetu Nauk Geofizycznych PAN, Komitetu Astronomii PAN, Komitetu Badań Kosmicznych i Satelitarnych PAN.