Jednocześnie jednak Holendrzy starali się zapewnić swojej kolonii prawo do samostanowieniaW końcu roku doszło nawet do ogłoszenia niepodległości przez Zachodnią Nową Gwineę, ale sprawę szybko rozwiązał indonezyjski korpus stacjonujący już na wyspie., na podstawie Rezolucji 1514 (XV) ONZRezolucja Zgromadzenia Ogólnego 2514 (XV), 14 grudnia 1960 roku., zwanej potocznie Aktem Wolnego Wyboru, ale ostatecznie terytorium zostało przekazane ONZ, a ta z kolei oddała ją Indonezji. W zamian za to ONZ zażądała jedynie przeprowadzenia referendum w Nowej Gwinei Holenderskiej. Już jednak w 1963 – 6 lat przed referendum – wyspa została zorganizowana jako indonezyjska prowincja – Irian Zachodni.
Powstanie OPM Ludność wyspy nie uznała jednak decyzji świata zachodniego i Indonezji, toteż w ramach obywatelskiego nieposłuszeństwa 1 grudnia każdego roku wywiesza flagę Zachodniej Nowej Gwinei, tzw. Gwiazdę poranną. Działania te są jednak nielegalne i zagrożone karą więzienia od 7 do 20 lat.
W 1965, w celu zwiększenia skuteczności starań o niepodległość, Papuasi założyli Ruch Wolnej Papui, który działaniami dyplomatycznymi i militarnymi miał zmusić Indonezję do rezygnacji z Zachodniej Nowej Gwinei.