Ukształtowanie terenu i gleby Wyspy wchodzące w skład Bahrajnu stanowią wyniesioną powyżej poziomu morza część podmorskiego grzbietu. Kraj składa się z 35 wysp, które są otoczone rafami koralowymi. Poza główną wyspą, do ważniejszych zaliczają się: Muharrak leżąca na północny wschód od głównego Bahrajnu, Sitra leżąca na wschód od wyspy Bahrajn. Obie te wyspy leżą w odległości kilkuset metrów od wyspy Bahrajn. Trzecią ważniejszą wyspą jest Umm an-Nasan leżąca kilka kilometrów na zachód od głównej wyspy, Umm an-Nasan ma połączenie drogowe (grobla i most) z Bahrajnem, jak i Arabią Saudyjską.
Bahrajn, jako że stanowi część podmorskiego grzbietu, jest niezwykle nizinna wyspą, gdzie jej najwyższy szczyt – Dżabal ad-Duchan mierzy zaledwie 134 m n.p.m. Zbudowany z piaskowców Ad Dukhan jest niewielkim o łagodnym nachyleniu wzgórzem, wokół którego teren jest równinny. Obszary równinne stanowią większość powierzchni kraju. Linia brzegowa kraju jest w zasadzie słabo rozwinięta, jedynie północny i północno-wschodni odcinek jest bardziej urozmaicony.
W kraju dominują suche gleby pustynne yermosole, a na obszarach słonych bagien – sołonczaki. Także na wybrzeżu gleby są w dużym stopniu zasolone.