W XVI wieku co najmniej trzech arcybiskupów Kolonii przyjęło wiarę protestancką. Pierwsi dwaj, Hermann von Wied oraz Salentin von Isenburg-Grenzau, po zmianie wiary zrezygnowali z arcybiskupiej godności. Trzeci z nich, Gebhard Truchsess von Waldburg, po przejściu na kalwinizm w roku 1582 nie zamierzał rezygnować z władzy nad elektoratem Kolonii i postanowił dokonać próby sekularyzacji państwa. Doprowadziło to do wybuchu wojny kolońskiej, podczas której armia bawarska wyniosła do godności arcybiskupa Kolonii księcia Ernesta, co było pierwszym poważnym sukcesem kontrreformacji na terenie Niemiec. Arcybiskup Kolonii, w owych czasach często mający władzę także nad biskupstwem Münster (a niekiedy i nad biskupstwem Liège), należał do najzasobniejszych książąt północno-zachodnich Niemiec. W 1672 roku sprzymierzona z Francją i biskupstwem Münster Kolonia wzięła udział w inwazji na Holandię, co wkrótce rozpętało ogólnoeuropejską wojnę Francji z koalicją hiszpańsko-austriacko-lotaryńską.