Kariera polityczna W 1820 roku wrócił do Chile. Następnie został wysłany przez Bernardo O’Higginsa do Peru, aby pomóc w odzyskaniu niepodległości tego kraju. W 1824 roku został wybrany na Ministra Spraw Zagranicznych i rządu, A w 1825 na intendenta z Coquimbo.
W 1827 r. z powodu rezygnacji Agustína Eyzaguirre Generał Ramón Freire został wybrany na prezydenta, a on został wybrany na wiceprezydenta. Kiedy Freire podał się do dymisji 5 maja 1827, gen. Pinto objął stanowisko prezydenta. Jako prezydent brał też udział w pracach nad Konstytucją w 1828 roku.
W wyniku nowych wyborów prezydenckich, został powołany na prezydenta w maju 1829. Pinto był wyraźnym zwycięzcą spośród 9 kandydatów. Otrzymał 118 głosów elektorskich (29,06%) i został wybrany 19 października. Niemniej jednak, początek wojny domowej w kraju był tylko kwestią czasu.