Po powrocie napisał podręcznik na temat obsługi karabinów, który stał się regulaminową książką w tej dziedzinie.
W 1860 roku został wysłany do Nowego Meksyku, gdzie awansował do stopnia kapitana 20 grudnia tego samego roku.
Wojna secesyjna Po ogłoszeniu secesji przez stan Tennessee wrócił do Richmond i włączony został do armii generała Josepha Egglestona Johnstona. Brał udział w I bitwie nad Bull Run, kampanii półwyspowej, a podczas bitwy o Williamsburg odegrał znaczącą rolę. W bitwach pod Seven Pines i pod Gaines’ Mill dowodził odpowiednio dwoma i trzema brygadami. W bitwie pod Glendale stracił wszystkich oficerów, a na jego mundurze znaleziono aż sześć dziur po kulach – mimo tego wyszedł ze starcia bez szwanku.
W bitwie pod Gettysburgiem bezskutecznie wspierał prawą flankę podczas sławnej szarży Picketta. Śmierć generała Williama Dorseya Pendera przyniosła mu 3 sierpnia 1863 roku awans na generała-majora.
Kariera powojenna Po zakończeniu działań wojennych oferowana została mu pozycja generała brygady w armii Egipskiej, którą to propozycję odrzucił. W 1886 roku prezydent Grover Cleveland mianował go szefem departamentu ds. kolei.