Organizacja sił lotniczych była następująca: dowództwo służby techniczne służby zaopatrzeniowe departament sprawiedliwości sekcja medyczna sekcja oświatowa sekcja uzbrojenia dowództwo kwatery głównej dowództwo samolotów służby informacyjne artyleria przeciwlotnicza Kadra Lotnictwa NDH wywodziła się w zdecydowanej większości z lotnictwa Jugosławii, podobnie jak samoloty i wyposażenie. Główne lotniska znajdowały się w Zagrzebiu, Sarajewie, Mostarze, Banja Luce i Zemunie, gdzie mieściły się zakłady lotnicze Ikarus i Zmaj.
Na pocz. maja 1941 r. Chorwaci wystąpili do Niemców z wnioskiem o dostarczenie 22 myśliwców Messerschmitt Bf 109, ale bez rezultatu. W czerwcu otrzymali zdobyte przez wojska niemieckie 8 lekkich bombowców Bristol Blenheim i 5 dwupłatowych bombowców Potez 25.
Pod koniec 1941 r. Lotnictwo NDH miało już 95 samolotów zgrupowanych w 4 grupach i 8 eskadrach lotniczych. Od końca lata uczestniczyły one w atakach na oddziały partyzantów (najbardziej przydatne w takich działaniach okazały się dwupłatowe lekkie bombowce Breguet 19 i Potez 25). Pierwsze misje lotnicze kosztowały Chorwatów po 1 Breugecie i Potezie zniszczonych podczas lądowań po trafieniu z karabinów przez partyzantów.