Rozwój misji Misja w Japonii odnosiła o wiele większe sukcesy niż działająca znacznie dłużej rosyjska misja prawosławna w Chinach. W 1880 duchowni z Rosji doprowadzili do powołania osobnej eparchii w Japonii, gdzie odnotowano już 6 tys. wyznawców prawosławia. Wpłynęło to na szybką intensyfikację inwestycji w architekturę cerkiewną. W tej fazie działalności misji wzniesionych zostało kilkadziesiąt świątyń prawosławnych, z których najważniejszą był sobór Zmartwychwstania Pańskiego w Tokio, największa cerkiew na Dalekim Wschodzie, przewyższająca rozmiarami pałac cesarzy JaponiiP. Paszkiewicz, W służbie..., s. 239-241..
Ważnym wydarzeniem, jakie wpłynęło na działalność misji, była wojna rosyjsko-japońska. Prawosławni duchowni z Rosji pojawili się w zorganizowanych w kraju obozach jenieckich dla Rosjan oraz w szpitalach. W tym okresie, jak i w latach bezpośrednio po wojnie rząd rosyjski sfinansował szereg kolejnych obiektów sakralnych, początkowo w celu łatwiejszego dotarcia kapłanów do wiernych narodowości rosyjskiej, następnie zaś dla odbudowy nadwątlonego wizerunku rosyjskiej potęgi w JaponiiP. Paszkiewicz, W służbie..., s. 242-243..