Początki misji Prawosławie było obecne w Japonii od momentu częściowego otwarcia się tego kraju na prowadzenie z Rosją wymiany handlowej. W 1859 car sfinansował budowę pierwszej cerkwi w Japonii – świątyni Zmartwychwstania Pańskiego w Hakodate, przeznaczonej dla pracowników konsulatu rosyjskiego i innych Rosjan przebywających w mieścieP. Paszkiewicz, W służbie Imperium Rosyjskiego 1721-1917. Funkcje i treści ideowe rosyjskiej architektury sakralnej na zachodnich rubieżach Cesarstwa i poza jego granicami, s. 235-236.. Przy cerkwi zaczęli działać pierwsi misjonarze rosyjscy. Ich poczynania były uważnie obserwowane przez administrację japońską, która traktowała aktywność misji jako element umacniania wpływów rosyjskich w kraju. Szczególnie nieprzychylnie przyjmowany był fakt finansowania działalności duchownych prawosławnych przez państwo rosyjskie, co sprawiało, że Japończycy o wiele lepiej traktowali misje prowadzone przez protestantów i katolikówP. Paszkiewicz, W służbie..., s. 236-237.. Mimo tego w 1870 rząd rosyjski podjął decyzję o nadaniu misji większego rozmachu. W tym celu jej siedziba została przeniesiona z Hakodate do Tokio, zaś w latach 1873–1874 wyposażona w nową siedzibę z cerkwią domową.