W 1980 roku biskup Jan Zaręba zwrócił się do władz miasta o pozwolenie na budowę kościoła. Kościół ten miał być filią parafii katedralnej. 10 lutego 1981 roku wojewoda włocławski wydał zgodę na budowę. Organizatorem parafii i budowy kościoła na Zawiślu został w dniu 20 czerwca 1981 roku ksiądz prałat mgr Teodor Kazimierz Lenkiewicz, dotychczasowy proboszcz parafii w Zadusznikach. Parafia została erygowana dekretem Jana Zaręby z 14 sierpnia 1982 roku, który wszedł w życie kolejnego dnia. Patronką parafii została Najświętsza Maryja Panna Królowa Polski, z uwagi na obchodzony wówczas Jubileusz Jasnogórski. Wcześniej rozważano też, by patronem został św. Gotard. W średniowieczu istniał już w Szpetalu Dolnym kościół pod jego zawołaniem.
16 grudnia 1982 roku ks. Teodor Lenkiewicz został pierwszym proboszczem parafii. Teren parafii objął dzielnicę Włocławka Zawiśle. Dzielnica ta została przyłączona do miasta po II wojnie światowej, wcześniej stanowiąc odrębną miejscowość Szpetal Dolny. Od 1947 roku dzielnica należała do parafii katedralnej.
Budowa kościoła Podobnie jak z organizacją parafii, tak już przed II wojną światową istniały plany zbudowania kościoła na Zawiślu.