W tym samym roku, po zwycięstwie wyborczym kartelu wyborczego flamandzkich chadeków (CD&V) i Nowego Sojuszu Flamandzkiego w wyborach regionalnych, Geert Bourgeois został członkiem flamandzkiego rządu. W gabinecie Yves’a Leterme w lipcu 2004 objął urząd ministra spraw administracyjnych, polityki zagranicznej, mediów i turystyki. Został zdymisjonowany we wrześniu 2008 po tym, jak N-VA w Izbie Reprezentantów głosował przeciwko udzieleniu wotum zaufania dla nowego federalnego rządu współtworzonego przez CD&V.
W 2009 został wybrany do Parlamentu Flamandzkiego. Dobry wynik wyborczy N-VA pozwolił tej partii powrócić do koalicji rządowej na szczeblu regionalnym. Chadecki premier Flandrii Kris Peeters w czerwcu 2009 powierzył Geertowi Bourgeois stanowisko wicepremiera rządu flamandzkiego, ministra ds. administracji, władz lokalnych, integracji obywatelskiej i turystyki. Zwycięstwo N-VA w kolejnych wyborach regionalnych w 2014 skutkowało przejęciem w regionie funkcji premiera – 25 lipca 2014 Geert Bourgeois został nowym ministrem-prezydentem. W konsekwencji złożył uzyskany w tymże roku mandat w Senacie.