Po tych sukcesach Gudowicz miał nadzieję na objęcie funkcji głównodowodzącego w planowanej wojnie przeciw Persji, ale powierzono je niedoświadczonemu Walerianowi Zubowowi. W związku z tym Gudowicz zaczął starać się o przejście w stan spoczynku, ale w tym czasie nastąpiła zmiana na tronie. Katarzynę II zastąpił Paweł I, który odwołał Zubowa i powołał na jego miejsce Gudowicza, jednocześnie przy koronacji w 1797 roku nadając mu tytuł księcia.
Gudowicz przeszedł na front kaukaski jeszcze przed wybuchem w 1804 roku kolejnej wojny przeciw Persji. W 1806 roku poprowadził armie rosyjskie do zwycięstwa, zajmując chanaty Derbentu, Şəki i Baku. Po bitwie nad Arpaczajem, w której stracił oko, został promowany na feldmarszałka.
W 1808 roku podjął nieudaną próbę zdobycia Erywania. Po tej klęsce podał się do dymisji i opuścił armię, by zostać merem Moskwy. Rządził miastem przez trzy lata, po czym, z powodu stanu zdrowia, odszedł na emeryturę i przeniósł się do rodowej posiadłości
Zmarł w wieku 80 lat, w styczniu 1820 roku.
Bibliografia http://www.hrono.ru/biograf/gudovich.html Гудович Иван Васильевич