Pomimo tego formalnego centralizmu odległość od metropolii i rozległość terytoriów wchodzących w skład wicekrólestwa uniemożliwiał realne sprawowanie kontroli z Madrytu.
Terytorium Nowej Hiszpanii zajmowało tereny współczesnego Meksyku po Kostarykę jako granicę południową, a także wszystkie należące do Hiszpanii wyspy wśród Karaibów z Kubą na czele. Na północy objęła z czasem Nowa Hiszpania tereny należące dziś do Stanów Zjednoczonych, a tworzące obecnie stany Kalifornia, Nevada, Utah, Kolorado, Arizona, Nowy Meksyk oraz Teksas. Oprócz tego wliczana tu była Floryda, która po traktacie paryskim z 1763 roku została oddana Wielkiej Brytanii, za co w ramach rekompensaty przyłączono do Nowej Hiszpanii część utraconej przez Francję Luizjany wraz z portem w Nowym Orleanie ustanawiając granicę między posiadłościami brytyjskimi a hiszpańskimi na rzece Missisipi. Olbrzymie te terytoria tylko nominalnie wchodziły w skład wicekrólestwa, które nie było w stanie ich efektywnie kontrolować, a które w końcu Francuzi przejęli w roku 1800 by ostatecznie sprzedać Stanom Zjednoczonym w roku 1803. Przez większość czasu płynna, północna granica Nowej Hiszpanii została ustalona ostatecznie przez Traktat Adams-Onis w 1819.