Susannae.
Uczestniczył w sesjach Światowego Synodu Biskupów w Watykanie, w tym w sesji specjalnej poświęconej Kościołowi w Ameryce (listopad–grudzień 1997). Reprezentował papieża jako jego specjalny wysłannik m.in. na Kongresie Eucharystycznym w krajach karaibskich w Port of Spain (Trynidad i Tobago, kwiecień 1997). Oskarżony o ukrywanie przestępstw księży dopuszczających się pedofilii, co było przyczyną kryzysu moralnego (i finansowego) w amerykańskim Kościele. 13 grudnia 2002 zrezygnował z funkcji arcybiskupa Bostonu w związku z przestępstwami seksualnymi w amerykańskim Kościele katolickim. Zarzucano mu wielokrotne tuszowanie przypadków pedofilii. Rezydował jako kapelan przy żeńskim klasztorze w Clinton (Maryland).
27 maja 2004 papież Jan Paweł II wezwał go do Rzymu, powierzając mu godność i obowiązki archiprezbitera bazyliki Matki Bożej Większej (funkcję tę pełnił do 2011). Brał udział w konklawe 2005, które wybrało papieża Benedykta XVI. 4 listopada 2011 stracił prawo wyboru papieża w konklawe z powodu ukończenia 80. roku życia.