W 1498 ożenił się z Sybillą Artzt, ale nie mieli dzieci.
W latach następnych zainteresował się złożami miedzi w Karpatach, które stanowiły dla jego salzburskich i tyrolskich kopalni miedzi największą konkurencję. Postanowił je przejąć i zmonopolizować handel kruszcami. Węgierskie kopalnie miedzi były bardzo zawodnione. Dlatego w 1495 w Bańskiej Bystrzycy Jakob Fugger i pochodzący ze Spisza obywatel Krakowa Jan Thurzo (znany fachowiec od rud metali, odwadniania kopalń i produkcji urządzeń wydobywczych) założyli spółkę handlową Ungarischer Handel, która błyskawicznie osiągnęła ogromne obroty w handlu miedzią, stając się jednym z największych przedsiębiorstw handlowych w ówczesnym świecie.
W maju 1511 Jakob Fugger został podniesiony do rangi arystokracji Świętego Cesarstwa Rzymskiego. W 1519 walnie przyczynił się do wyboru Karola V Habsburga na cesarza rzymskiego, udzielając mu kredytu na przekupienie elektorów Rzeszy w wysokości 852 000 guldenów (3 tony złota). Jakob zmarł w 1525 i uważany jest za jednego z najzamożniejszych ludzi wszech czasów. Pozostawiony przez niego majątek wynosił (według różnych źródeł) od 1,6 do 2,5 miliona guldenów.