Portugalczycy, którzy nie uznali tradycji malabarskich, wprowadzili tradycje łacińskie, podporządkowując tamtejszych chrześcijan łacińskiemu arcybiskupowi Goa – .
W 1599 roku podczas synodu w Diamper, zwołanego przez Menezesa, odwołano szereg tradycji malabarskich, wprowadzając elementy łacińskie tak w liturgii jak i dyscyplinie kościelnej. W wyniku tych zmian, doszło do licznych protestów ze strony wyznawców Kościoła syromalabarskiego, doprowadziło to do zerwania jedności z Rzymem w 1653 roku, czego konsekwencją było utworzenie Malankarskiego Kościoła Ortodoksyjnego. W roku 1930 z Malankarskiego Kościoła Ortodoksyjnego wyłonił się katolicki Kościół syromalankarski.
Sytuację załagodzili karmelici, wysłani tam przez papieża Aleksandra VII w roku 1656. Unia została częściowo przywrócona w roku 1662, a karmelici pozostawali kolejnymi biskupami w Kościele syromalabarskim do roku 1896, kiedy to Rzym utworzył tam trzy wikariaty apostolskie – w Triczur, i Czanganaczeri.
W 1923 roku Pius XI dokonał reorganizacji administracyjnej tworząc prowincję kościelną z siedzibą w . Po Soborze Watykańskim II powstały egzarchaty o charakterze misyjnym, przekształcone następnie w diecezje.