Działania na rzecz budowy Kościoła Autonomicznego prowadził wbrew woli swojego dawnego zwierzchnika, metropolity warszawskiego i całej Polski, który w związku z tym powołał tymczasowego administratora Kościoła na Ukrainie biskupa Polikarpa (Sikorskiego). Mimo tego 18 lipca 1941 przyjął wybór na metropolitę autonomicznego Kościoła ukraińskiego, a trzy dni później w liście do wiernych ogłosił objęcie zwierzchnictwa nad parafiami ukraińskimi w Generalnym Gubernatorstwie. Występował przeciw działalności Organizacji Ukraińskich Nacjonalistów i potępił pierwsze napady dokonane przez UPA na polską ludność Wołynia.
Śmierć mały|Grób metropolity Aleksego 7 (lub 8) maja 1943 r., podczas objazdu eparchii, metropolita zginął w zasadzce urządzonej przez współpracujący z banderowcami oddział partyzancki OUN-M pod dowództwem Mykoły Nedweżkiego „Chrina”. Według Grzegorza Motyki mogło to być wynikiem pomyłki melnykowców, którzy zamierzali zabić Gebietskommissara Müllera. Zabójcy hierarchy utrzymywali, że znaleźli przy nim dokumenty świadczące o domniemanej kolaboracji z hitlerowcami, jednocześnie jednak starali się zrzucić winę za jego śmierć na partyzantkę radzieckąG. Motyka, Ukraińska partyzantka 1942–1960, Warszawa 2006 Wyd. Instytut Studiów Politycznych PAN , Oficyna Wydawnicza „Rytm”, , s.203.