W 1939 Gedania została przyjęta do Pomorskiego Okręgowego Związku Piłki Nożnej i miała w sezonie 1939-1940 wystąpić w klasie ATygodnik Sportowy 1939 Nr 34, strona 2.. Jednak dzień przed rozpoczęciem II wojny światowej klub został zmuszony przez władze WM Gdańsk do zawieszenia działalności.
Początkowo działała sekcja piłkarska, od 1931 także lekkoatletyczna, kolarska, motorowa, hokejowa i bokserska. Po zajęciu Gdańska przez Niemcy hitlerowskie rozstrzelani zostali prezes Gedanii Henryk Kopecki oraz wiceprezesi Konrad Zdrojewski i Władysław Dębowski, a większość zawodników klubu trafiła do obozów koncentracyjnych. Miejsce Gedanii w lidze zajęła reprezentacja oddziałów Luftwaffe z Gdańska (SV Luftwaffe Danzig), których trzon stanowili żołnierze obrony przeciwlotniczejArtykuł w Trójmiasto.pl.. Wojny nie przeżyło łącznie 75 członków klubu.
Po 1945 thumb|Siedziba KKS Gedania przy ul. Kościuszki, w głębi wieża kościoła św. Stanisława Po wyzwoleniu miasta 16 maja 1945 lub pod nazwą KS Gedania został reaktywowany. Po początkowych sukcesach klub spadł do niższych lig piłkarskich.