Wiązanie kompleksu Ku z końcami nici DNA Aby białko Ku mogło prawidłowo funkcjonować wymagana jest obecność fosforanu-6-inozytolu, który wiąże się z kompleksem Ku. Obecnie nie wiadomo, czy fosforan-6-inozytolu połączony jest ciągle z białkiem Ku, czy jest dołączany w trakcie odpowiedzi na uszkodzenie DNA. Są dwa czynniki, które są istotne w formowaniu pierścienia naokoło nici DNA: polaryzacja elektrostatycznego ładunku dodatniego, który koncentruje się na wewnętrznej powierzchni pierścienia i wzdłuż miejsca przyłączenia DNA; budowa samego pierścienia. Białko Ku70 ułożone jest proksymalnie do pierścienia, a białko Ku80 dystalnie do końców nici DNA. Ze względu na asymetryczną budowę kompleksu Ku, miejsce wiązania DNA z jednej strony nici DNA może być w całości związane z resztami aminokwasowymi białka Ku70, a z drugiej strony przez reszty aminokwasowe białka Ku80. Wolne końce DNA zawsze wiążą się z resztami aminokwasowymi białka Ku70. Asymetria wiązania końców nici DNA może powodować powstawanie jednej lub kilku kombinacji strukturalnych heterodimerów białka Ku.