Ważną datą dla parafii był 27 lipca 1681, kiedy to do Zielenic przybył ciężko chory Franciszek Szembek, aby modlić się do cudownego obrazu o przywrócenie do zdrowia. Kiedy rzeczywiście wyzdrowiał w podziękowaniu postanowił ufundować nowy, murowany kościół. Kamień węgielny pod jego budowę został poświęcony 18 lipca 1685. Konsekracja kościoła pod wezwaniem Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny odbyła się 1 października 1691. Z czasem wezwanie kościoła uległo zmianie, by obecnie nosić tytuł Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny.
W połowie XVIII wieku stan techniczny kościoła i zabudowań plebańskich był zły, o czym informują protokoły wizytacyjne. W 1773, po kasacie zakonu jezuitów, dobra zielenieckie zostają wystawione na sprzedaż. 7 maja 1858 pożar niszczy dzwonnicę oraz dach i sklepienia kościoła. Naprawa zniszczeń trwała do lat 80. XIX wieku. W 1883 do kościoła dobudowano babiniec (od strony północnej) wzniesiono nową, murowaną dzwonnicę oraz bramę. W 1904 wykonano nową posadzkę kościoła, wybudowano nową plebanię oraz założono nowy cmentarz. W latach 1911–1918 wykonano nowe pokrycie dachu (z eternitu) oraz postawiono sygnaturkę. Wówczas też wnętrze kościoła uzyskało nową dekorację malarską autorstwa Ludwika Konarzewskiego.