Za jedną z najistotniejszych cech isisfordii uważano otwór nozdrzy tylnych całkowicie otoczony kośćmi skrzydłowymi, długo uznawany za cechę diagnostyczną kladu Eusuchia, jednak późniejsze analizy wykazały, że przednie krawędzie nozdrzy tylnych były tworzone przez kości podniebienne, a nie skrzydłowe.
Według analizy przeprowadzonej przez Salisbury'ego i współpracowników (2006) Isisfordia jest taksonem siostrzanym do kladu obejmującego Hylaeochampsa i krokodyle, z kolei w analizie przeprowadzonej przez Pola i in. (2009) zajmowała dwie różne pozycje – kiedy uwzględniano rodzaj Susisuchus, na kladogramie Isisfordia znajdowała się w pozycji siostrzanej do rodzajów Shamosuchus i Rugosuchus, natomiast kiedy Susisuchus nie był uwzględniany – połowa najbardziej parsymonicznych drzew wskazywała, że Isisfordia jest taksonem siostrzanym do kladu obejmującego Hylaeochampsa i krokodyle, podczas gdy druga połowa preferowała identyczną topologię jak wówczas, gdy uwzględniono Susisuchus. Według definicji Eusuchia przedstawionej przez Christophera Brochu w 1999 roku Isisfordia nie należy do tej grupy, jednak Salisbury i współautorzy stwierdzili, że cechy kluczowe dla Eusuchia pojawiły się wcześniej niż Hylaeochampsa, już u isisfordii, w związku z czym może być ona uznana za najbardziej bazalnego przedstawiciela tego kladu.