W 2005 roku po wygranym dwumeczu z Koszarawą Żywiec KS Raków Częstochowa awansował do III ligi (od 2008 roku II liga). Królem strzelców w grupie w sezonie 2004/2005 został Tomasz Czok strzelając 23 bramki.
mały|Mecz III ligi – Raków Częstochowa – Chrobry Głogów
1 lipca 2011 roku utworzono spółkę akcyjną RKS Raków Częstochowa, która przejęła sekcję piłki nożnej KS Raków Częstochowa. W 2011 roku obchodzono 90-lecie istnienia klubu. Z tej okazji rozegrano towarzyski mecz z Wisłą Kraków, wygrany przez Raków 1:0.
W 2014 roku właścicielem klubu został przedsiębiorca Michał Świerczewski.
W sezonie 2016/17 zespół pod kierownictwem Marka Papszuna zwyciężył w II lidze i zapewnił sobie awans do I ligi. Drużyna rezerw grała wówczas w IV lidze. W Plebiscycie Piłki Nożnej Andrzej Niewulis otrzymał tytuł pierwszoligowca roku 2018.
10 kwietnia 2019 roku w półfinale Pucharu Polski zespół przegrał z Lechią Gdańsk. 24 kwietnia 2019 roku Raków pokonał na własnym stadionie 2:0 drużynę Podbeskidzia Bielsko-Biała w meczu 30 kolejki I ligi, dzięki czemu po 21 latach przerwy awansował do Ekstraklasy. W Plebiscycie Piłki Nożnej Marek Papszun otrzymał tytuł trenera roku 2020, a Raków Częstochowa tytuł drużyny roku 2020.