W okresie reformacji, za czasów członka wspólnoty braci polskich Jakuba Siemieńskiego, Bukowsko było jednym ze znaczniejszych ośrodków reformacji w regionie. W 1624 nastąpił najazd Tatarów w 1624 roku, w wyniku którego spalono całą wieś z dworem i kościołem, a wielu mieszkańców zostało uprowadzonych w niewolę. Kościół odbudowano w 1710 staraniem właściciela wsi Józefa OssolińskiegoZarys dziejów Bukowska.
W XVIII i XIX wieku było niewielkim miasteczkiem (prawa miejskie uzyskało najprawdopodobniej przed 1748). Przed rokiem 1716 pomiędzy dolną a górną częścią wsi została lokowana osada targowa, która dała następnie początek osadzie małomiasteczkowej i miastu. W końcu XVIII wieku miejscowość liczyła niespełna 1500 mieszkańców, trudniących się głównie rolnictwem.
Kodeks Dyplomatyczny Małopolski z 1361 wspomina o kościele pw. św. Piotra, który miał kaplicę filialną w miejscowości Wolica, a od 1468 do 1748 należał do łacińskiej parafii w miejscowości Nowotaniec. W roku 1748Refnovae fundationionis Bukowsko, 1748 AGZ t. XXIII. str., 273. Bukowsko dzięki staraniom Ossolińskich uzyskało prawa miejskie oraz przywilej targowy.