Doczekali się dwójki dzieci – oprócz syna Arona mieli także urodzoną w 1930 roku córkę Arlette. Krewnym Lustigerów (kuzynem Arona i Arlette) był Arno Lustiger, mieszkający przez wiele lat w Niemczech historyk i pisarz.
Młody Aron Lustiger w Paryżu ukończył szkołę podstawową, zaś później, w latach 1936–1939 uczył się w paryskim liceum Lycée Montaigne. Tuż przed wybuchem II wojny światowej, w sierpniu 1939 roku Aron i Arlette ze względów bezpieczeństwa zostali przez rodziców oddani pod opiekę zaprzyjaźnionej katolickiej rodzinie Combesów z Orleanu. W Orleanie Aron Lustiger kontynuował naukę licealną w tamtejszym Lycée Pothier w latach 1940–1942, a następnie, do 1943 roku, uczył się w miejscowym niższym seminarium duchownym uzyskując tytuł licencjata. Pod wpływem rodziny Combesów i ich silnej wiary wraz z siostrą postanowili dokonać konwersji na katolicyzm – Aron po raz pierwszy wolę zostania chrześcijaninem wyraził w 1940 roku tuż przed Wielkanocą. 21 sierpnia 1940 roku Aron Lustiger został ochrzczony w kaplicy domu biskupiego w Orleanie przez biskupa tamtejszej diecezji Julesa-Marie-Victora Courcouxa. Podczas chrztu, w którym uczestniczyli jego rodzice, zmienił imię na Jean-Marie, a jego rodzicami chrzestnymi zostali Suzanne Combes i Jean Bathellie.