W 2002 i 2006 próbował swoich sił na arenie krajowej – w mistrzostwach Ukrainy wśród drużyn amatorskich, a w 2004 w rozgrywkach Pucharu Ukrainy wśród drużyn amatorskich.
W 2005 roku prezesem klubu został lokalny biznesmen Ołeksandr Kyrij, po czym klub znacznie poprawił swoją sytuację finansową. Zaczęto aktywnie rozwijać klubową i miejską infrastrukturę piłkarską, a środki zaczęto inwestować w piłkę nożną dzieci i młodzieży.
W 2013 roku klub zdobył Puchar Gubernatora obwodu sumskiego, pokonując w finale klub z Pierwszej ligi FK Sumy (1:0).
W 2017 klub połączył się z lokalnym rywalem Kołos, po czym zmienił nazwę na Kołos-Szachtar Konotop.
W 2020 po nawiązaniu współpracy z miejscową Szkołą Sportową dla Dzieci i Mlodzieży (która powstała w 1995 roku) klub przyjął nazwę Szachtar-DJuSSz im.Mamiaszwili Konotop. W sezonie 2020 zajął trzecie miejsce w rozgrywkach Pierwszej ligi mistrzostw obwodu sumskiego.
Barwy klubowe, strój, herb, hymn
Klub ma barwy biało-czarno-pomarańczowe. Piłkarze domowe spotkania zazwyczaj grają w białych koszulkach, czarnych spodenkach oraz białych getrach.
Sukcesy Trofea międzynarodowe Do chwili obecnej klub jeszcze nigdy nie zakwalifikował się do rozgrywek europejskich.
Trofea krajowe
Druha liha (D3): 7.