Największą rzeką kraju jest Amu-daria, która jest rzeką graniczną Turkmenistanu, Tadżykistanu i Uzbekistanu. W granicach Afganistanu liczy 1300 km, a jej dopływami są Konduz i Kokcza. Do innych rzek kraju należą: Helmand o długości 1150 km i Harirud o długości 800 km. Reszta rzek ma głównie charakter okresowy. W kraju występują nieliczne jeziora; do głównych zbiorników należy m.in. Saberi w Sistanie na południu kraju. Poziom lustra Saberi ulega dużym wahaniom. Poza Saberi w tym samym regionie leży Puzak, a na równinie Hazaradżad - Nawur i Ab-i Istoda. W najwyższych partiach Hindukuszu występują lodowce.
300px|right|thumb|Afganistan – zdjęcie satelitarne Gleby Przeważającym typem gleb w kraju są gleby górskie. Na obszarach niżej położonych występują szaroziemy. Na wschodzie kraju miejscami można spotkać brunatne kambisole. Obszary na południu mają najbardziej ubogą warstwę glebową, gdzie w wielu miejscach występują słone gleby. Doliny rzek są pokryte aluwialnymi fluwisolami.
Flora Szata roślinna jest dość uboga. Większość kraju to skaliste i bezleśne góry. Reszta kraju jest pokryta suchą roślinnością, niższe partie gór zajmują suche stepy. Na równinach, a w szczególności na południu, występują obszary półpustynne i miejscami pustynne.