Temperatury są skrajne, a ich dobowe i roczne wahania są duże. Średnie ogólne wartości termiczne wahają się od 5 °C zimą do 25 °C latem. Najcieplejsze są, oczywiście, obszary najniżej położone, czyli krainy wschodnie i południowo-zachodnie. Latem w tych rejonach oraz na równinach nad Amu-darią średnie temperatury przekraczają 30 °C. W okresie letnim od maja do września występują upały, gdzie w ciągu dnia temperatury osiągają, a nawet przekraczają wartość 45 °C. Nocami temperatury spadają poniżej 20 °C. Najchłodniej jest w górach, zwłaszcza na obszarze Hindukuszu, gdzie nawet latem średnia temperatura nie przekracza 5 °C. Zimą występują mrozy, nawet do -20 °C. Zimy w Afganistanie są surowe, nawet na obszarach równinnych w dzień jest najwyżej 15 °C, podczas gdy w nocy występują silne mrozy. Większość kraju cechuje się typową dla Europy zimą, gdzie do częstych zjawisk należą opady śniegu, zimne wiatry. Wszystkie masywy górskie są co najmniej do kwietnia pokryte śniegiem, który w najwyższych partiach gór, powyżej 4000 m n.p.m., utrzymuje się przez cały rok.