połowa kraju to tereny wznoszące się powyżej 2000 m n.p.m. Występują tam liczne masywy górskie i wyżynne równiny. W północno-wschodniej części kraju wznosi się łańcuch górski Hindukusz, który na wschodzie styka się z masywem Pamiru i łańcuchem Karakorum. W Hindukuszu Wschodnim wznosi się najwyższy szczyt Afganistanu – Noszak, o wysokości 7492 m n.p.m. Najwyższymi górami blisko centrum kraju jest Koh-e Baba, którego maksymalna wysokość wynosi 5135 m n.p.m. Pasmo tych gór rozdziela wyżynę Hazaradżat na dwie części. Na zachodzie góry Koh-e Baba przechodzą w góry Safed Koh, zwane też Paropamis, które wznoszą się na wysokość 4565 m n.p.m. Góry te ciągną się aż do granicy z Iranem. Na północ od Safed Koh ciągnie się równolegle pasmo Gór Turkiestańskich, których najwyższym szczytem jest Tirbandi Turkistan, o wysokości 3809 m n.p.m. Góry te graniczą od północy Równiną Baktrii, której przeciętna wysokość nad poziomem morza waha się od 300 do 400 m. Na południowy zachód od wyżyny Hazaradżat wznoszą się silnie rozczłonkowane Góry Środkowoafgańskie, o maksymalnej wysokości 4182 m n.p.m.