W 1335 otrzymał godność biskupa poznańskiego. Jako nowy biskup, wraz z Janisławem I, arcybiskupem gnieźnieńskim zaskarżył Zakon do kurii rzymskiej. Podczas procesu w 1339, który miał miejsce w Warszawie między Zakonem a Polską pozwany jako świadek wydał zarówno negatywną opinię o rządach jakie sprawował Władysław Łokietek na Pomorzu, jak i o zbrodniach dokonanych przez zakon krzyżacki. Swoich roszczeń zrzekł się, podobnie jak reszta biskupów, w 1343 przy zawarciu pokoju kaliskiego. W 1344 r. rozpoczął przebudowę poznańskiej katedry w stylu gotyckim. Zmarł 14 kwietnia 1346. Pochowano go w katedrze. Czasami za Długoszem nazywany Jan z Kępy, chociaż jest to prawdopodobnie błąd kronikarza, gdyż w XIV wieku Kępa należała do Doliwów.
Twórczość Do naszych czasów dotrwało kilka napisanych przez niego hymnów ku czci Matki Boskiej i świętych. Przypuszczalnie to również on ułożył inskrypcję, zaczynającą się od słów Hic iacet in tumba, wyrytą na grobie Bolesława Chrobrego ufundowanym przez jednego ze swych poprzedników na tronie biskupim Bogufała II. Według przekazów biskup Jan był również muzykiem, grającym na cytrze.