W 1793 roku ożenił się z Charlotte Juliane Josephi (1768–1829), która była siostrą jego kolegi Wilhelma Josephiego (1763–1845). Podczas swojej podróży do Portugalii w latach 1797–1799 z innym znanym botanikiem i ornitologiem z Drezna – hrabią Johannem Hoffmannseggiem doszedł do wniosku, że jego głównym zainteresowaniem naukowym będzie botanika. W 1800 roku został członkiem prestiżowej Leopoldiny, najstarszej akademii zajmującej się historią naturalną w Europie. W 1808 roku otrzymał nagrodę Akademii Petersburskiej za napisanie monografii zatytułowanej Von der Natur und den Eigenschaften des Lichts (pol. „Rodzaj i właściwości światła”).
Wraz z nowymi badaniami naukowymi oraz pracami jego reputacja w świecie nauki rosła i stała się powszechnie znana. W 1811 roku został mianowany profesorem chemii i botaniki na Königliche Universität we Wrocławiu, gdzie był dwukrotnie wybierany rektorem uczelni. We Wrocławiu Link wykładał botanikę, geografię fizyczną, mineralogię, farmakognozję oraz toksykologię.