W 1772, w momencie zajęcia Lwowa przez Austriaków w wyniku I rozbioru Polski w konwencie żyło tylko trzech braci zakonnych. W 1784 Klasztor uległ kasacie w wyniku reform józefińskich przeprowadzonych przez cesarza Józefa II. Opuszczony kościół został przekazany lwowskiej wspólnocie ewangelicko-augsburskiej i dostosowany do potrzeb kultowych protestantów. W ołtarzu głównym pojawił się obraz Józefa Rejchana, Ukrzyżowanie.
W 1842 w kościele odprawiono nabożeństwo za duszę rosyjskiego generała Piotra Wittgensteina, uczestnika wojny z 1812, który zmarł, przejeżdżając przez Lwów.
W 1929 na fasadzie kościoła wbudowano tablicę pamiątkową z okazji 400-lecia protestantyzmu i 150. rocznicy istnienia Kościoła ewangelickiego we Lwowie.
Po 1945 w kościele ulokowano magazyn płyt wytwórni Miełodija.
Po 1990 budynek kościoła został przekazany Wszechukraińskiemu Kościołowi Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów – wschodniosłowiańskiej gałęzi ruchu baptystycznego. Do 1997 kościół przebudowano i odrestaurowano.
Architektura Kościół wzniesiony został w stylu barokowym, ma dwie wieże i oryginalną, lekko wklęsłą fasadę, o chłodnym wystroju architektonicznym, charakterystycznym dla budowli zakonu dominikanów – pierwotnych właścicieli świątyni.