Działalność od 1997 Jeszcze w 1997 powrócił na funkcję przewodniczącego Demokratycznej Partii Albanii, stając się liderem opozycji. Objął też ponownie mandat deputowanego, uzyskiwał reelekcję w kolejnych wyborach. Był przywódcą protestów, które wybuchły w 1998 po zamordowaniu demokratycznego posła Azema Hajdariego, a które wymusiły dymisję premiera Fatosa Nano (który rozważał wcześniej doprowadzenie do aresztowania byłego prezydenta pod zarzutem zdrady w związku z wywołanymi zamieszkami). Jego ugrupowanie również w 2001 przegrało wybory, które sam uznał za sfałszowane. Jako lider opozycji prowadził przez długi czas politykę wiecową, w swoich przemówieniach ostro atakując rządzących socjalistów.
W 2005 sojusz ugrupowań centroprawicowych wygrał wybory, we wrześniu tegoż roku przewodniczący demokratów objął stanowisko premiera Albanii. W 2009 utrzymał tę funkcję na kolejną kadencję dzięki porozumieniu z lewicową formacją Ilira Mety. Urząd premiera sprawował do września 2013, odchodząc po przegranej w następnych wyborach parlamentarnych. W tym samym roku na funkcji przewodniczącego partii zastąpił go Lulzim Basha. Sali Berisha pozostał aktywny w albańskiej polityce. W 2017, 2021 i 2025 wybierany ponownie do Zgromadzenia Albanii.