Według różnych źródeł wspólnie z żoną Anną Jelínkovą pomógł od czterdziestu do dwustu ludziom, a uratował życie minimum dziesięciu. Wśród uratowanych były żydowskie rodziny Fischerów i Fronków, polska rodzina Siekierskich, Feliks Zubkiewicz, a także ukraińska rodzina Łuciuków.
W 1942 ożenił się z Anną, z którą w 1944 dobrowolnie wstąpił do armii Ludvíka Svobody, dowódcy 1 Korpusu Czechosłowackiego. Jan pracował w służbie medycznej a Anna była łączniczką. Brali udział w operacji dukielsko-preszowskiej oraz w wyzwoleniu Czechosłowacji.
Jan Jelínek w trakcie wojny ukończył szkołę oficerską i w momencie demobilizacji odchodził z wojska w stopniu podporucznika. Został odznaczony Czechosłowackim Walecznym Krzyżem, Medalem Zasługi Republiki Czeskiej II stopnia, Czechosłowackim Wojskowym Medalem Pamiątkowym z nadrukiem ZSRR, Medalem za Zwycięstwo nad Niemcami w Wielkiej Wojnie Ojczyźnianej 1941–1945 oraz Dukielskim Medalem Pamiątkowym. W 1948 został awansowany na porucznika rezerwy.
Podczas trwania rzezi wołyńskiej wspólnie z żoną Anną udzielał schronienia Polakom uciekającym z wsi dotkniętych agresją ze strony UPA.