Został aresztowany w 1594, wespół z Johnem Gerardem i wkrótce zwolniony. Po uwolnieniu kontynuował działalność pomagając m.in. działającemu w ukryciu H. Garnetowi SJ, prowincjałowi jezuitów. Powtórne aresztowanie nastąpiło w Hindlip Hall, w hrabstwie Worcestershire, gdy podczas rewizji trwającej w sumie dwanaście dni, wyszedł po czterech dniach z kryjówki, w której przebywał z innym jezuitą bez jedzenia i picia. Został przewieziony do Londynu i uwięziony w Tower. W tym czasie w Hindlip przebywał także prowincjał Henry Garnet i jeszcze inny jezuita, schowani w bardzo ciasnej kryjówce, potajemnie karmieni przez gospodarzy przez słomkę. Wyszli z niej dopiero po ośmiu dniach, zmuszeni przez potrzeby fizjologiczne. Pochwyceni, zostali przesłuchani przez Radę królewską, której członkiem był także Robert Cecil, osobiście ucieszony z powodu aresztowania Owena. Święty poddawany był bezskutecznie torturom mającym na celu ujawnienie wybudowanych kryjówek. Tortury doprowadziły do jego męczeńskiej śmierci.