Talabani zaakceptował wówczas poparcie islamskiego Iranu.
W 1991 Dżalal Talabani został laureatem nagrody Brunona Kreiskiego.
Po utworzeniu przez Amerykanów Irackiej Rady Zarządzającej Talabani został jednym z jej głównych członków, przewodząc jej w listopadzie 2003. W tym czasie nastąpiła też zmiana w poglądach Talabaniego, który zaczął się dystansować od haseł domagających się niepodległości dla Kurdów i skłaniać się ku federalnemu ustrojowi Iraku.
Pogodzenie obu stronnictw kurdyjskich pozwoliło na stworzenie koalicji wyborczej pod nazwą Demokratyczno-Patriotyczny Alians Kurdystanu, który odniósł przygniatające zwycięstwo w lokalnych wyborach do Zgromadzenia Kurdyjskiego w 2005 oraz zdobył 75 miejsc w irackim Zgromadzeniu Narodowym w zbojkotowanych przez sunnitów wyborach w tym samym roku.
Po wyborach 30 stycznia Talabani został wybrany przez irackie Zgromadzenie Narodowe na prezydenta republiki 7 kwietnia 2005. 11 listopada 2010 dzięki porozumieniu politycznemu przełamującemu ośmiomiesięczny powyborczy impas Zgromadzenie Narodowe