Pierwsze regaty kajakowe o mistrzostwo Pomorza odbyły się na torze w Brdyujściu 17 lipca 1932 r. razem z regatami żeglarskimi. W 1936 r. powstała przystań na Wyspie Młyńskiej, którą wykorzystywali zarówno wioślarze, jak i kajakarze. Rok później BKS Wodnik zbudował przystań na terenie przyległym do KS Pocztowego PW. Bydgoszcz stała się największym ośrodkiem kajakowym w kraju, z uwagi na infrastukturę do uprawiania tego sportu oraz sukcesy na arenie krajowej.
W 1945 r. powołano w Bydgoszczy Polski Związek Kajakowy (równocześnie z Krakowem). Jego zorganizowanie było dziełem działacza sportu kajakowego, członka BKS Wodnik Witolda Borowskiego. 12 sierpnia 1945 r. odbyły się w Bydgoszczy pierwsze po II wojnie światowej kajakowe mistrzostwa Polski.
Klub Sportowy „Wodnik” rozwijał działalność aż do reorganizacji sportu polskiego w 1949 r. Kontynuatorem tej działalności od 1955 r. było Towarzystwo Sportowe „Gwiazda”. Kajakarze bydgoscy odnosili sukcesy od 1950 r., kiedy sięgnęli po tytuł mistrzów Pomorza. W latach 1951–1965 duże sukcesy odnosiła bydgoska kajakarka Daniela Walkowiak-Pilecka. Startowała na trzech olimpiadach: Melbourne 1956 (IV miejsce w jedynkach), Rzymie 1960 (brązowy medal w jedynce i VI miejsce w dwójce), Tokio 1964 (VII miejsce w finale).