Pożywienie Zjada ryby, żaby, scynki, gekony, koniki polne, chrząszcze i inne drobne bezkręgowce. Zazwyczaj żeruje samotnie, rzadko łączy się w stada.
Rozród Sezon lęgowy trwa od końca października do marca, ale głównie w listopadzie i grudniu. Gniazduje kolonijnie, zazwyczaj razem z innymi gatunkami ptaków, a zwłaszcza z czaplą modronosą (A. ralloides). Gniazdo na drzewie lub krzewie (na wysokości 0,5–4 m) w pobliżu wody, na Aldabrze gniazduje także w namorzynach. Gniazdo jest masywne, zbudowane z gałązek. W zniesieniu 2–4 jaja (najczęściej 3). Inkubacja trwa około 20 dni, zajmują się nią oboje rodzice. Młode zaczynają opuszczać gniazdo po około 15 dniach od wyklucia, są w stanie same zdobywać pokarm w wieku około 4 tygodni.
Status Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje czaplę malgaską za gatunek zagrożony (EN – Endangered). W 2002 roku szacowano liczebność światowej populacji na 2000–6000 osobników, czyli około 1300–4000 osobników dorosłych. Globalny trend liczebności oceniany jest jako spadkowy.