Na soborze zostały również poruszone sprawy ponownego zajęcia Jerozolimy przez muzułmańskich chorezmijskich najemników w 1244. W wyniku tego, Innocenty nakłonił francuskiego króla Ludwika IX, do zorganizowania VII wyprawy krzyżowej, która zakończyła się jednak całkowitym niepowodzeniem.
W 1243 wydał decyzję, na mocy której w kraju podbijanym przez Krzyżaków powstały cztery diecezje: chełmińska, pomezańska, warmińska i sambijska. W 1246 jego wysłannicy jako pierwsi Europejczycy przybyli do wielkiego chana mongolskiego z listem od niego. Papieskie poselstwo przekazali Jan di Piano Carpini i Benedykt Polak, a ich relacja jest najstarszym wiarygodnym źródłem wiedzy o państwie mongolskim.
W 1248 roku nadał unikatowy przywilej Chorwatom używania swojego ojczystego języka i głagolickiego pisma w katolickiej liturgii. Przywilej ten przetrwał 7 stuleci (inaczej niż np. chiński) – aż dopiero sobór watykański II w latach 1962–1965 dopuścił oficjalnie inne narodowe języki do katolickiej liturgii.
W 1252 roku wydał bullę Ad extirpanda (łac.