W 1762 dotychczasowa rezydencja paulinów została przekształcona w pełnoprawny konwent, a w święto Matki Boskiej Częstochowskiej arcybiskup lwowski Wacław Hieronim Sierakowski erygował przy kościele jedną z sześciu nowych parafii rzymskokatolickich we Lwowie. Owa parafia obejmowała całe terytorium Przedmieścia Łyczakowskiego, ulicę Piekarską do kościoła sakramentek i do folwarku benedyktynek ormiańskich na Pasiekach oraz wsie Zniesienie, Krywczyce, Lisienice i Winniki.
W 1772 r., w momencie zajęcia Lwowa przez Austriaków w wyniku pierwszego rozbioru Polski, w konwencie żyło siedmiu braci zakonnych. Klasztor uległ kasacie w wyniku reform józefińskich przeprowadzonych przez cesarza Józefa II. Parafię przeniesiono do pobliskiego kościoła św. Antoniego. Opuszczoną świątynią opiekował się i sprawował liturgię ostatni pozostawiony w niej paulin. Wkrótce potem, w 1786 władze austriackie przekazały kościół Świętych Piotra i Pawła wyznawcom kościoła greckokatolickiego.
W 1798 dokonano przebudowy fasady w duchu empirowym, dobudowując niewielką wieżę-kruchtę.