Pod dachem umieszczono karnisz i fryz konsolowy. Główne wejście do kościoła znajdowało się od strony zachodniej i było zdobione kamiennym portalem, do którego później dobudowano niewielką kruchtę. Wnętrze kościoła przekryto sklepieniem kolebkowym. W 1653 umieszczono w nim barokowy ołtarz główny. W murze kościelnym umieszczono płaskorzeźby obrazujące przypowieść o Jezusie i Łazarzu.
W 1654 przy kościele erygowano prebendę, nad która patronat sprawował magistrat miasta Lwowa i Arcybractwo Różańcowe, założone jeszcze w 1620 przez fundatorów kościoła.
Najstarsze budynki szpitalne przylegają do kościoła od strony południowej i północnej. W XVIII-XIX w. dobudowano jeszcze kilka budynków szpitala i nadbudowano budynki starego schroniska. Od końca XVIII w. władze austriackie przeznaczyły szpital wyłącznie do utrzymania tam niewidomych kobiet i mężczyzn. Zarządzanie szpitalem powierzono magistratowi miasta Lwowa, który postanowił przenieść do podziemi kościoła zmumifikowane ciała zmarłych, pochowanych w minionych wiekach w piasku pod Wysokim Zamkiem.
W 1856 odlano dla kościoła trzy nowe dzwony dla upamiętnienia urodzenia następcy tronu arcyksięcia Rudolfa Habsburga.