W 1934 został wybrany prezesem Stowarzyszenia Kompozytorów Polskich.
Jednym z jego uczniów był Faustyn Kulczycki.
Życie prywatne Emil Młynarski był synem Kazimierza Młynarskiego i Fryderyki Birnbroth. W 1895 w Iłgowie poślubił Annę Talko-Hryncewicz, z którą miał pięcioro dzieci: Wandę, Bronisława, Feliksa, Annę i Anielę. Aniela (1908–2001) poślubiła Mieczysława Münza, a po rozwodzie – Artura Rubinsteina. Wanda poślubiła pianistę i kompozytora Wiktora Łabuńskiego.
Stryjecznym wnukiem Emila Młynarskiego był Wojciech Młynarski.
Emil Młynarski spoczywa na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (aleja zasłużonych-1-17). Pomnik na jego grobie jest autorstwa Karola Tchorka.
Ordery i odznaczenia
Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (2 maja 1923) Złoty Krzyż Zasługi (12 lutego 1933) „za zasługi na polu szerzenia kultury muzycznej w kraju oraz propagandę zagranicą”.
Upamiętnienie Od 1972 roku Emil Młynarski jest patronem jednego z placów w Warszawie i ulicy w Suwałkach. Jest patronem Państwowej Ogólnokształcącej Szkoły Muzycznej I stopnia w ZPSM nr 1 na ul. Rakowieckiej w Warszawie oraz Państwowej Szkoły Muzycznej I stopnia w Augustowie. Tablica pamiątkowa znajdująca się na bocznej ścianie gmachu Filharmonii Narodowej przy ul. Jasnej 5 (od strony placu jego imienia).