coarse-grained force fields) stosowane w długich czasowo symulacjach białek i kwasów nukleinowych dążą do jeszcze bardziej uproszczonego opisu cząsteczek, wprowadzając pseudoatomy symulujące zachowanie całych reszt aminokwasowych (białka) bądź zasad azotowych (kwasy nukleinowe). Takie przybliżenia są konieczne z uwagi na znaczny koszt obliczeniowy modelowania tak dużych układów molekularnych.
.
Sposób realizacji thumb|300px|Funkcja potencjału w mechanice molekularnej dla modelu ciągłego rozpuszczalnika. Wykorzystując pole siłowe, wyznacza się energię potencjalną dla całego badanego układu. Energia wyznaczana jest dla każdej konformacji i jest ona sumą kilku niezależnych wyrażeń:
gdzie wkłady od energii kowalencyjnej i niekowalencyjnej dane są następującymi wyrażeniami: