Rola w zgładzeniu Erwina Rommla Od października 1944 roku Burgdorf był także adiutantem Adolfa Hitlera. W ramach swojej funkcji odegrał kluczową rolę w samobójstwie Erwina Rommla, który był zamieszany w zamach 20 lipca. Hitler uznał, że postawienie feldmarszałka przed Sądem Ludowym spowodowałoby skandal w Niemczech i nakazał wyeliminować go w cichy sposób.
14 października 1944 roku Burgdorf, w towarzystwie gen. Ernsta Maisela, przybył do domu Rommla. Wykonując instrukcje feldmarszałka Wilhelma Keitla, zaoferował mu wybór między samobójstwem i pogrzebem państwowym oraz immunitetem dla jego rodziny i podwładnych lub procesem o zdradę i haniebną śmiercią. Feldmarszałek przystał na to pierwsze i zażył podany mu przez Burgdorfa cyjanek potasu.
Ostatnie dni wojny Podczas bitwy o Berlin Burgdorf dołączył do Hitlera, który schronił się wraz z innymi ludźmi ze swojego najbliższego otoczenia w bunkrze pod ogrodem Kancelarii Rzeszy. Wiele działań Burgdorfa w Berlinie w tym czasie zostało udokumentowanych przez pisma Gerhardta Boldta, niemieckiego żołnierza, który napisał o swoich doświadczeniach w bunkrze Hitlera.