thumb|left|Rekonstrukcja Buckley i Brochu początkowo przypisali Mahajangasuchus do grupy Mesoeucrocodylia, co w późniejszych pracach nie zostało zakwestionowane. Analiza filogenetyczna przeprowadzona w 2004 roku przez Ismara Carvalho i współpracowników zasugerowała przynależność rodzaju Mahajangasuchus do rodziny Peirosauridae i szczególnie bliskie pokrewieństwo z Uberabasuchus. Dla hipotetycznego kladu obejmującego te dwa rodzaje autorzy ukuli nazwę Mahajangasuchini. Według analizy Turnera i Buckleya z 2008 roku Mahajangasuchus jest bardziej zaawansowany niż Peirosauridae, lecz bardziej bazalny od kladu obejmującego rodzaj Stolokrosuchus i grupę Neosuchia (wpływ na pozycję filogenetyczną Mahajangasuchus miało jednak dodanie do analizy gatunku Trematochampsa taqueti, które na niektórych drzewach wskazywało bliższe pokrewieństwo Mahajangasuchus z Notosuchia niż z Neosuchia). Badania przeprowadzone przez Paula Sereno i Hansa Larssona w 2009 roku zasugerowały, że Mahajangasuchus należy do Neosuchia, a jego taksonem siostrzanym jest Kaprosuchus. Klad obejmujący te dwa rodzaje otrzymał nazwę Mahajangasuchidae.