Na targach w Koblencji w 1841 roku, Thonet spotkał księcia Klemensa Wenzela von Metternich, który był entuzjastą mebli Thoneta i który stwierdzając: „W Boppard będzie Pan zawsze biedny. Proszę przyjechać do Wiednia”, zaprosił go na dwór do Wiednia.
Kiedy zakład w Boppard popadł w trudności finansowe, Thonet sprzedał go i wraz z rodziną przeniósł się do Wiednia w 1842 r. Tutaj pracował wraz z synami nad wystrojem wnętrz Pałacu Liechtenstein jako podwykonawca znanego w Wiedniu wytwórcy mebli Carla Leistlera. Odegrał również dużą rolę przy pracach nad wystrojem Pałacu Schwarzenberg. Kawiarnia „Café Daum” była pierwszym oficjalnym lokalem, w której od około roku 1850 znajdowały się wyłącznie krzesła Thoneta. Krzesło numer 4 od tamtych czasów jest klasycznym krzesłem wiedeńskich kafejek.
W roku 1849 jeszcze raz założył własne przedsiębiorstwo, które przekazał swoim synom w roku 1853 nadając mu firmę Bracia Thonet – „Gebrüder Thonet”.