Pod koniec kadencji w Europarlamencie zasiadało 781 deputowanych; cztery mandaty poselskie (dwa przypadające hiszpańskim socjalistom, jeden przypadający brytyjskim laburzystom i jeden przypadający greckim eurosceptykom) pozostały nieobsadzone.
Na mocy porozumienia pomiędzy grupami chadeków i socjalistów przewodniczącym PE VI kadencji był przez pierwsze 2,5 roku Josep Borrell (do 15 stycznia 2007) i następnie Hans-Gert Pöttering (od 16 stycznia 2007).
W Parlamencie Europejskim VI kadencji powołano osiem frakcji politycznych: Grupa Europejskiej Partii Ludowej (Chrześcijańscy Demokraci) i Europejskich Demokratów (EPP-ED), Grupa Socjalistyczna w Parlamencie Europejskim (PES), Grupa Porozumienia Liberałów i Demokratów na rzecz Europy (ALDE), Grupa Unii na rzecz Europy Narodów (UEN), Grupa Zielonych / Wolne Przymierze Europejskie (G-EFA), Konfederacyjna Grupa Zjednoczonej Lewicy Europejskiej / Nordycka Zielona Lewica (EUL/NGL), Grupa Niepodległość / Demokracja (IND/DEM), Grupa Tożsamość, Tradycja i Suwerenność (ITS), funkcjonująca pomiędzy 15 stycznia 2007 a 14 listopada 2007.