1983–1985 – szef sztabu i zastępca dowódcy 7 Gwardyjskiej Dywizji Powietrznodesantowej w Kownie.

Wojna w Afganistanie Od 1981 służył w Ograniczonym Kontyngencie Wojsk Radzieckich w Afganistanie; w latach 1981–1982 zastępca dowódcy, a w latach 1982–1983 – dowódca 345 wydzielonego pułku powietrznodesantowego. W latach 1985–1987 ponownie służył w Afganistanie jako dowódca 103 Gwardyjskiej Dywizji Powietrznodesantowej; brał udział w operacji „Magistrala” (1987). W sumie przesłużył w Afganistanie 5 lat i 3 miesiące. W 1988 za „wykonywanie zadań bojowych przy minimalnych stratach w ludziach” otrzymał tytuł Bohatera Związku Radzieckiego.

Pucz Janajewa Po opuszczeniu Afganistanu studiował w latach 1988–1990 w Akademii Sztabu Generalnego im. Woroszyłowa w Moskwie. W grudniu 1990 został dowódcą wojsk powietrznodesantowych ZSRR. W czasie puczu Janajewa 20 sierpnia 1991, początkowo wykonywał rozkazy puczystów – wprowadził do Moskwy 106 Dywizję Powietrznodesantową, obsadził jej żołnierzami strategiczne budynki, przygotowywał szturm „Białego Domu”. Jednak już pod koniec pierwszego dnia przewrotu wypowiedział się przeciwko siłowemu spacyfikowaniu parlamentu, podjął rozmowy z ugrupowaniem Borysa Jelcyna i jeszcze tego samego dnia, wydał rozkaz ochrony gmachu parlamentu przez podległe sobie oddziały.