Dopiero w publikacji Mileny Kindziuk zamieszczony został odpis aktu ślubu, zgodnie z którym związek został zawarty 10 lutego 1906 roku w Krakowie w ówczesnym kościele garnizonowym Świętych Apostołów Piotra i PawłaMilena Kindziuk, Matka papieża. Poruszająca opowieść o Emilii Wojtyłowej, Kraków 2013, s. 67–68.. Po wyjściu za mąż dorywczo zajmowała się krawiectwem.
Mieli troje dzieci: Edmunda, który urodził się 27 sierpnia 1906; był lekarzem w szpitalu w Bielsku, zmarł w czasie epidemii szkarlatyny w 1932, Olgę Marię, która urodziła się i zmarła 7 lipca 1916 roku, Karola Józefa, późniejszego papieża.
Emilia Wojtyła zmarła w 1929 w wyniku zapalenia mięśnia sercowego i niewydolności nerek, jak zostało napisane w akcie zgonu. Niektóre źródła błędnie podają, że w czasie porodu czwartego dziecka. Została pochowana w grobowcu rodziny Kuczmierczyków, swoich krewnych, na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie. Do dzisiaj zachował się pomnik na grobowcu z wyrytym nazwiskiem Emilii Wojtyłowej.
W 1934 jej prochy zostały przeniesione do grobowca rodzinnego na Cmentarz wojskowy przy ul.